他接到熊廷弼的命令后，一路向南，施州卫不战而降，后又接到熊廷弼的军令让他绕过永顺宣慰司和保靖宣慰司，攻打辰州府，但不许对境内的苗人城镇动用武力，一切等朝廷派出的钦差大臣前往辰州处理对湘西苗疆的收服工作，左良玉虽然对熊廷弼的军令不以为然，倒是郑南生熟悉苗人情况，极力劝他不要乱动刀兵，苗人向来团结，不然早就被朝廷剿灭了，虽然手中有数万大军，也不一定是愤怒起来苗人的对手，左良玉自然不信，若是郑南生不去劝他，有熊廷弼的军令在，他自然不会傻到无违抗军令，可郑南生把苗人说的那么厉害，左良玉心高气傲，当然不相信，正好一件事撞了上来，左良玉派出的一队大约三十多人的斥候兵，是去处探查地形的，去了一天一夜都没有回来，偏偏这队斥候兵去的是苗疆边墙一带苗人居住区域。
明朝在镇压湖湘黔边苗民大起义之后，特设三藩总督，开府沅州（今怀化市芷江县），由张岳任总督镇抚。据记载，张岳“乃疏罢湾溪等屯，更设乾州、强虎、竿子、洞口、清溪、五寨、永安、石羊、铜信、小坡、冰塘拗、水田营及镇溪所，几十有三哨。每哨以士兵仡蛮及募打手等数百人成之。”同时，设参将两员，一驻麻阳，一驻铜仁。两年后，麻阳参将移驻五寨司城（即今凤凰县治）。明初所设辰沉兵备道一员，仍驻沅州。
除了14哨、2营、1所处，还有两营：龙首营，拱辰营以防“外二里”（今花垣县地）“生苗”。把湘西苗疆南北隔离起来，规定了“苗不出境，汉不入峒” “东苗（熟苗）不能西进，西苗（生苗）不能东入”“凡生苗轶入府县城或屯堡,擒送帐下,把缚虏囚,置高竿,集健卒乱箭射杀之,复剖裂肢体,烹啖诸将士。罪轻者裁去耳鼻使去。”等一系列的防苗压苗措施。
从以上各营哨的分布形势看，其始初的建筑构想和战略考虑，是以三藩总督和辰沅道驻地沅州府城，及参将驻地麻阳县城（后移五寨司城），作为对湘黔边“苗疆”和“生苗”军事行动的指挥协调中心和后方依托。并依此将营哨明显的分成二线：一线是西起铜仁、凤凰交界的王会营，南下经小坡、铜信、冰塘坳，往东为水田营、五寨司，再至石羊、龙首、拱辰等营哨，可称后防线；另一线，西起凤凰营，向东南经永宁、永安，又北向经盛华、箭塘，再往东而北，至清溪、洞口、竿子、强虎、乾州各营哨，达镇溪所。这是前沿线，紧贴“生苗”区的沿边。各营哨均常年驻军屯粮，对湘黔边“苗疆”和腊尔山“生苗”形成一种军事封锁态势。
边墙驻军平均下来五千到七千人的规模，到左良玉大军到达之时，凤凰营兵力最多大约有一千五百人规模，其余三营还有哨所加起来也就三五千人，明万历四十三年，明廷在无可奈何的情况下，采纳湖广参政蔡复一的献策，拨“帑金”四万多两，修筑了一条从铜仁滑石亭子关到湖南保靖喜鹊营的“边墙”(今南长城的一部分)，并在落潮井设“前营”，廖家桥设“后营”，对新寨苗王辖区的苗族进行军事封锁和力量瓦解，十多年过去了，朝廷吏治败坏，各地官僚腐败，去年魏忠贤逼宫立储兵变以来，这里就更加成了三不管的地带，当地的官府就与苗人中领主（土司）勾结，盘剥普通苗众，同时又把罪行都推到当地的汉人和官府身上，更加加深了这里的民族矛盾，加上汉民族一直惯行的“非我族类，其心必异”的理念，对苗族百姓更是苛捐杂税，凡有反抗，则发兵剿灭，明自立国以来，死在汉人刀下的苗人不下数百万，可谓是血债累累。
左良玉也秉承汉人的一贯想法，发现自己的斥候小队不见了，当即派人询问附近各洞苗人土司，苗人一贯仇视汉人，就是有跟汉人勾结的，左良玉不过是个路过的将军，又有谁把他放在眼里呢，派出去的信使者，无一不是灰头土脸的回来了，左良玉大怒，自己可是礼数都到了，如果不是军令在身，他早就发兵自己去找人了，当即令曹虎率了五千大军扫平了几个洞寨，并且找到了自己斥候小队的大部分尸体，尸体上的致命伤痕更加证明是苗人干的，左良玉更是火起，这三十个人他可是亲自嘱咐过的，自己的兵他还是相信的，不得做出对苗人伤害的事情呢，而且左良玉军纪也非常的严格，他相信自己手下的兵不会把自己的话当耳边风，所以他认为是苗人故意挑衅杀害朝廷士兵，命找到尸体地点的土司交出凶手，否则血洗苗寨。
左良玉的做法也并无多大的过错，就是手段稍微激烈了些，不过他不知道，他已经被人利用了，在他抓了那些土司苗人的第二天，新寨的吴黑苗又在新寨称“王”，发出“驱逐客民（主要是指汉人的称谓），还我土地”的轰轰烈烈的苗民大起义，起义军很快就占据了苗疆边墙，驻扎在凤凰营的麻阳参将还没有来得及想清楚自己的出路就被人在梦中砍了脑袋，另外一头铜仁参将也成了起义军的俘虏，在吴黑苗的号召下，一下子湘西生苗纷纷响应，就连归顺朝廷生活多年的苗民也民心浮动，吴黑苗更是提出了“苗人不打苗人”的口号，起义军在三天之内迅速壮大，号称“十万大军”，而起义的导火索就是左良玉贸然扫荡了几个苗寨，并且抓了他们的土司和苗人百姓，以此为由头，打出救出被汉人无辜抓走的同胞，吴黑苗才召集了湘西苗族数十洞的土司，决定起义。
左良玉这才想起军令让他不能激怒苗人，现在人都抓了，放回去也于事无补，连忙写了军报快马送到武昌，请熊廷弼定夺。
熊廷弼看了左良玉的军报之后，也是大惊失色，左良玉的做法虽然有点过激了，但这也都是军中以前一贯的做法，不能说他做错了，左良玉并没有为难那些土司苗民，只是管他们要凶手，这本无可厚非，但就此激起了苗疆兵变似乎有些夸张了，不等事情有个结果就起兵，若是左良玉还是以前那种作风，恐怕那些土司苗民早已成了刀下之魂了，幸好皇上提醒的对，左良玉也没有直接杀了那些人，这分明是有预谋的叛乱，这无疑给自己收复湖广一地加了许多变数。
没多久，自己帐下亲兵前来禀告，朝廷派出全权处理湘西苗疆事务的钦差大臣黄宗羲到了，这也是大明朝官职最小的钦差了，从五品的辰州道监察御史加湘西苗务大臣，前面是朝廷加设的，后面的是朱影龙自己给想出来的，朝廷自从有了个江防大臣，现在又多了个苗务大臣，虽然言官颇有微词，但这是皇帝的意思，他们纵有天大的不满，也无话可说，尤其现在的朱影龙更是父凭子贵，罩着一层真命天子的光环！