，朱元璋亲自督师攻打宁国，将朱亮祖生擒，因喜其勇敢，收为部下。没过几个月，朱亮祖重新叛归元朝，屡屡与义军作战，并占据了宣城。当时朱元璋忙于进攻建康，无暇顾及朱亮祖，只是派徐达等将其团团包围。朱亮祖突围时，虽击退常遇春，使朱部将士惊惧不前，但朱元璋再次亲赴前线督战，最终将他生擒。士兵将他绑至朱元璋面前，朱元璋问：“这次你还有什么话说？”朱亮祖答曰：“如能活下去则为你效劳，否则死了算了。”朱元璋敬佩其勇武，饶恕了他。从此，朱亮祖成为朱元璋帐下的虎将之一。
朱亮祖随朱元璋参加了鄱阳湖大战，进军武昌，升为广信卫指挥使。李文忠率部与张士诚的大将李伯升在诸全新城大战，朱亮祖乘胜将其大营烧毁，俘虏600多人，招降军士3000多人，缴获战马800余匹，辎重、铠甲无数。后来进攻陈友谅、方国珍，朱亮祖均立下了汗马功劳。洪武元年，作为征南将军瘳永忠的副手平定了广东和广西，洪武三年封永嘉侯。次年参与伐蜀的战役，因擅杀军校未获封赏。洪武十二年受命出镇广东。
元朝末年，广东是地方军阀何真的地盘。洪武元年何真投降以后，广东一直处于明朝严密地军事监督之下。军卫在这里有特殊的地位，不仅普通百姓怕兵，就是地方官也得让他们三分。军卫的需求都由地方筹备，他们还借机勒索，县衙吏员常遭军兵凌辱。朱亮祖是武将出身，只知拼死作战，斗大的字识不了一箩筐，所作所为多系不法。他以侯爵镇守广州，不仅放纵军士胡作非为，自己也更加横行，甚至与地方恶霸沆瀣一气，欺压良善，搞得天怒人怨。本来像朱亮祖这样的权贵是没人敢惹的，但偏偏碰上了一个宁折不弯、爱民如子的番禺县令道同，双方矛盾日趋尖锐。
道同是河间府人，蒙古族。以伺母至孝闻名。洪武初年被举荐为太常寺赞礼郎，后出知因军卫横行而被视为难治之地的番禺县。道同执法严明，对于军卫的非理要求坚决予以抵制，使军校们的嚣张气焰稍有收敛，百姓赖以少安。
朱亮祖到广州后，很快就把广州城搞得乌烟瘴气。番禺城中有一群流氓地痞，欺行霸市。市场上如有珍奇货物，就极力压价收买。商人如稍加争执，他们就故意诬陷，或称其私卖番货，或称其使用伪钞，然后七手八脚将你弄到兵马司，轻则没收货物，重则严刑拷打。商人们对这些人或望风而逃，或忍气吞声。有一天，道同布置好眼线，在那些地痞恶霸敲诈勒索他人之际，突然将他们抓获，又从他们口中得知其为首者，一并抓来枷在大街上示众。百姓无不拍手称快。地痞中的一些漏网之鱼找到朱亮祖，求他出面搭救。朱亮祖早就与这些人有所来往，加上身边亲信的煽动，他当即让人将道同召至府上，设酒食款待，席间请道同放人。道同不卑不亢，先是历数了这些人的罪恶，然后对朱亮祖说：“大人以侯爵之尊，出镇南疆，应当抚慰百姓，除霸安民，不要受小人蛊惑。”一席话将朱亮祖弄得哑口无言。
朱亮祖见道同一个小小县令竟然不买他的账，只好一不作，二不休，第二天清早亲自带人到现场将那些地痞恶霸抢走后释放。这场闹剧表面上是朱亮祖大获全胜，实则不然。他以侯爵身份在大庭广众之下公然做了地痞流氓的首领，尊严丧尽。朱亮祖越想越火，便将一切怨恨都撒到道同身上。没过几天，他借地方官员拜见的机会，诬陷道同礼节不周，对其进行了严厉责打。
朱亮祖本来就贪污受贿，现在又公然藏污纳垢，一些土豪劣绅便如苍蝇逐臭一样，竭尽阿谀巴结之能事。一个罗姓土豪先用金钱巴结上了朱亮祖，接着又将自己如花似玉的女儿献给朱亮祖做妾。罗家本来就是地方一霸，这下更是有恃无恐了。罗氏兄弟天天带着一群恶奴在街上游荡，寻衅滋事。掠人田宅，抢人妻女成了家常便饭。百姓告发罗氏兄弟的状纸堆满了道同的书案，一些人更是拦轿哭诉。道同对此感到十分棘手，知道只要自己一动手，朱亮祖便会出面干涉，但一想到受害百姓的凄惨样子和期待的眼神，他不由地横下一条心，将个人安危置之度外，决心再与朱亮祖斗一次。他经过周密调查，秘密逮捕了罗氏兄弟，将其关入县衙，派人严加看守。没想到朱亮祖这次更绝，直接调集军队冲进县衙将罗氏兄弟抢走了。
道同非常无奈，知道凭自己一个县令的力量是斗不过朱亮祖的，但他已经没有退路了。他想：自己与朱亮祖的仇是结下了，还不知他会怎样报复我呢？与其束手待毙，还不如拼却一腔热血主动出击，将朱亮祖的罪行上奏朝廷，或能解救一方百姓。想到这里，他心里放松了许多，连夜写好奏章，派人秘密送往京城。
殊不料朱亮祖回去后，他的幕僚对他说：“按道同的倔强脾气，他会冒死上疏皇帝的。大人，您不如先发制人。”朱亮祖立刻让人拟好奏章，派人快马送往南京。
结果朱亮祖的人快，他的奏章率先被送到朱元璋处。朱元璋见了后，非常吃惊，凭借一位侯爵，弹劾一个小小的县令是非常罕见的。朱亮祖在奏章中除给道同加了“目无官长”的罪名外，还若有其事地称：道同以蒙古人相标榜，纵容刁民闹事。这些刁民有的是故元遗匪，有的是何真旧部。其事可疑，其心可诛。朱元璋一看道同与前朝遗匪为伍，当即就批了“斩立决”，派使者去广东执行。朱亮祖派人买通了使者，弃船登陆，乘六百里快马，昼夜兼程，迅速赶到广州，将道同斩首。
道同遇难，土豪恶霸欢欣鼓舞，百姓们只有暗暗垂泪，并默默祈祷道同能够平反昭雪。
过了几天，道同的奏章也送到了朱元璋面前。当他把道同这篇一字一泪的奏章读完后，方才知道自己受了朱亮祖的蒙蔽，对朱亮祖贪污受贿、勾结土豪、扶植无赖、为害百姓的恶行有了清楚的了解。于是，他立刻派人前去追回前次诛杀道同的上谕，并调道同入京。